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Python
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Python
#!/usr/bin/env python3
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"""
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GasFlux 完整处理示例脚本
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这个脚本演示了完整的GasFlux处理流程：
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1. 使用data_processor.py处理原始Excel数据
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2. GasFlux数据验证和处理：
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- 背景校正
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- 空间处理
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- 克里金插值
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- 生成报告
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运行方法：
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python run_example.py input.xlsx
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python run_example.py input.xlsx --output processed_data.csv
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"""
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import sys
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import argparse
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from pathlib import Path
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# 导入同一包内的模块
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# 优先尝试相对导入（当作为包的一部分运行时）
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# 如果失败，则尝试绝对导入（当直接运行脚本时）
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try:
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# 尝试相对导入
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from .processing_pipelines import process_main
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from .data_processor import process_file
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print("✅ 成功导入GasFlux模块（相对导入）")
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except ImportError:
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try:
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# 相对导入失败，尝试绝对导入
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from src.gasflux.processing_pipelines import process_main
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from src.gasflux.data_processor import process_file
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print("✅ 成功导入GasFlux模块（绝对导入）")
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except ImportError as e:
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print(f"❌ 导入GasFlux模块失败: {e}")
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print("请确保GasFlux包结构完整，或从项目根目录运行")
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sys.exit(1)
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def main():
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"""主函数：运行完整的数据处理和GasFlux分析流程"""
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parser = argparse.ArgumentParser(
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description="GasFlux完整处理流程：Excel数据预处理 + 通量分析",
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formatter_class=argparse.RawDescriptionHelpFormatter,
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epilog="""
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使用示例:
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python run_example.py data.xlsx # 基本使用
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python run_example.py data.xlsx --output result.csv # 指定输出文件名
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python run_example.py data.xlsx --no-gasflux # 仅预处理，不进行通量分析
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处理步骤:
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1. 使用data_processor.py处理Excel文件
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2. 对处理后的数据进行GasFlux通量分析
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"""
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)
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parser.add_argument('input_file', help='输入的Excel文件路径 (.xlsx 或 .xls)')
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parser.add_argument('-o', '--output', help='预处理后的CSV输出文件名（可选）')
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parser.add_argument('--no-gasflux', action='store_true',
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help='仅执行数据预处理，跳过GasFlux通量分析')
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parser.add_argument('-c', '--config', help='GasFlux配置文件路径（可选，默认使用内置配置）')
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args = parser.parse_args()
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print("=== GasFlux 完整处理流程 ===\n")
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# 检查输入文件
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input_path = Path(args.input_file)
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if not input_path.exists():
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print(f"❌ 错误：输入文件不存在: {input_path}")
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return
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if input_path.suffix.lower() not in ['.xlsx', '.xls']:
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print(f"❌ 错误：输入文件必须是Excel格式: {input_path}")
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return
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# 确定输出文件名
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if args.output:
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processed_csv = Path(args.output)
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else:
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processed_csv = input_path.with_suffix('.processed.csv')
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# 确定配置文件
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if args.config:
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config_file = Path(args.config)
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else:
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config_file = Path(__file__).parent / "data" / "gasflux_config.yaml"
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print(f"输入Excel文件: {input_path}")
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print(f"预处理输出CSV: {processed_csv}")
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if not args.no_gasflux:
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print(f"GasFlux配置文件: {config_file}")
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print()
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try:
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# 第一步：数据预处理
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print("🔄 第一步：数据预处理...")
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processed_df = process_file(str(input_path), str(processed_csv))
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print(f"✅ 数据预处理完成，输出文件: {processed_csv}")
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print()
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# 如果不需要进行GasFlux分析，直接返回
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if args.no_gasflux:
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print("⏭️ 跳过GasFlux通量分析")
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return
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# 第二步：GasFlux通量分析
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print("🔄 第二步：GasFlux通量分析...")
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# 检查配置文件
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if not config_file.exists():
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print(f"❌ 错误：GasFlux配置文件不存在: {config_file}")
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return
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print(f"使用数据文件: {processed_csv}")
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print(f"使用配置文件: {config_file}")
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print()
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# 运行GasFlux处理流程
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process_main(processed_csv, config_file)
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print("\n✅ GasFlux通量分析完成！")
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# 显示输出信息
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output_dir = Path("../../examples/basic_usage/5m") / processed_csv.stem / "processing_run"
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if output_dir.exists():
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print(f"\n📁 GasFlux输出目录: {output_dir}")
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print("📊 生成的文件:")
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for file in output_dir.rglob("*"):
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if file.is_file():
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print(f" - {file.name}")
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except Exception as e:
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print(f"\n❌ 处理失败: {e}")
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import traceback
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traceback.print_exc()
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if __name__ == "__main__":
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main()
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