Initial commit: GasFlux project with core processing pipelines

src/gasflux/run_example.py

@@ -0,0 +1,142 @@
+#!/usr/bin/env python3
+"""
+GasFlux 完整处理示例脚本
+
+这个脚本演示了完整的GasFlux处理流程：
+1. 使用data_processor.py处理原始Excel数据
+2. GasFlux数据验证和处理：
+   - 背景校正
+   - 空间处理
+   - 克里金插值
+   - 生成报告
+
+运行方法：
+    python run_example.py input.xlsx
+    python run_example.py input.xlsx --output processed_data.csv
+"""
+
+import sys
+import argparse
+from pathlib import Path
+
+# 导入同一包内的模块
+# 优先尝试相对导入（当作为包的一部分运行时）
+# 如果失败，则尝试绝对导入（当直接运行脚本时）
+try:
+    # 尝试相对导入
+    from .processing_pipelines import process_main
+    from .data_processor import process_file
+    print("✅ 成功导入GasFlux模块（相对导入）")
+except ImportError:
+    try:
+        # 相对导入失败，尝试绝对导入
+        from src.gasflux.processing_pipelines import process_main
+        from src.gasflux.data_processor import process_file
+        print("✅ 成功导入GasFlux模块（绝对导入）")
+    except ImportError as e:
+        print(f"❌ 导入GasFlux模块失败: {e}")
+        print("请确保GasFlux包结构完整，或从项目根目录运行")
+        sys.exit(1)
+
+
+def main():
+    """主函数：运行完整的数据处理和GasFlux分析流程"""
+
+    parser = argparse.ArgumentParser(
+        description="GasFlux完整处理流程：Excel数据预处理 + 通量分析",
+        formatter_class=argparse.RawDescriptionHelpFormatter,
+        epilog="""
+使用示例:
+  python run_example.py data.xlsx                    # 基本使用
+  python run_example.py data.xlsx --output result.csv # 指定输出文件名
+  python run_example.py data.xlsx --no-gasflux       # 仅预处理，不进行通量分析
+
+处理步骤:
+1. 使用data_processor.py处理Excel文件
+2. 对处理后的数据进行GasFlux通量分析
+        """
+    )
+
+    parser.add_argument('input_file', help='输入的Excel文件路径 (.xlsx 或 .xls)')
+    parser.add_argument('-o', '--output', help='预处理后的CSV输出文件名（可选）')
+    parser.add_argument('--no-gasflux', action='store_true',
+                       help='仅执行数据预处理，跳过GasFlux通量分析')
+    parser.add_argument('-c', '--config', help='GasFlux配置文件路径（可选，默认使用内置配置）')
+
+    args = parser.parse_args()
+
+    print("=== GasFlux 完整处理流程 ===\n")
+
+    # 检查输入文件
+    input_path = Path(args.input_file)
+    if not input_path.exists():
+        print(f"❌ 错误：输入文件不存在: {input_path}")
+        return
+
+    if input_path.suffix.lower() not in ['.xlsx', '.xls']:
+        print(f"❌ 错误：输入文件必须是Excel格式: {input_path}")
+        return
+
+    # 确定输出文件名
+    if args.output:
+        processed_csv = Path(args.output)
+    else:
+        processed_csv = input_path.with_suffix('.processed.csv')
+
+    # 确定配置文件
+    if args.config:
+        config_file = Path(args.config)
+    else:
+        config_file = Path(__file__).parent / "data" / "gasflux_config.yaml"
+
+    print(f"输入Excel文件: {input_path}")
+    print(f"预处理输出CSV: {processed_csv}")
+    if not args.no_gasflux:
+        print(f"GasFlux配置文件: {config_file}")
+    print()
+
+    try:
+        # 第一步：数据预处理
+        print("🔄 第一步：数据预处理...")
+        processed_df = process_file(str(input_path), str(processed_csv))
+        print(f"✅ 数据预处理完成，输出文件: {processed_csv}")
+        print()
+
+        # 如果不需要进行GasFlux分析，直接返回
+        if args.no_gasflux:
+            print("⏭️  跳过GasFlux通量分析")
+            return
+
+        # 第二步：GasFlux通量分析
+        print("🔄 第二步：GasFlux通量分析...")
+
+        # 检查配置文件
+        if not config_file.exists():
+            print(f"❌ 错误：GasFlux配置文件不存在: {config_file}")
+            return
+
+        print(f"使用数据文件: {processed_csv}")
+        print(f"使用配置文件: {config_file}")
+        print()
+
+        # 运行GasFlux处理流程
+        process_main(processed_csv, config_file)
+        print("\n✅ GasFlux通量分析完成！")
+
+        # 显示输出信息
+        output_dir = Path("../../examples/basic_usage/5m") / processed_csv.stem / "processing_run"
+        if output_dir.exists():
+            print(f"\n📁 GasFlux输出目录: {output_dir}")
+            print("📊 生成的文件:")
+            for file in output_dir.rglob("*"):
+                if file.is_file():
+                    print(f"   - {file.name}")
+
+    except Exception as e:
+        print(f"\n❌ 处理失败: {e}")
+        import traceback
+        traceback.print_exc()
+
+
+if __name__ == "__main__":
+    main()