tangchao0503/water_content_retrieval
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0、示例数据见iris内部网盘
http://172.16.0.251/nextcloud/index.php/s/gyG4FTtyHZ5X4CF?path=%2F%E6%B0%B4%E4%BD%93%E5%90%AB%E9%87%8F%2F%E6%B0%B4%E4%BD%93%E7%A4%BA%E4%BE%8B%E6%95%B0%E6%8D%AE

1、环境搭建注意事项
python版本：3.13.1
gdal whl文件下载路径：https://github.com/cgohlke/geospatial-wheels/releases
安装PyKrige时，pip换成国内源，否则会失败：https://blog.csdn.net/weixin_50679163/article/details/122392249

2、命令行工具使用说明
2.1 数据要求
（1）输入原始影像是反射率数据
（2）无效像元对应的值必须为0，data ignore value = 0
（3）输入影像必须为bsq
（4）实测数据的格式：以tab分割的3列：经度，纬度，含量

2.2 二级指令
水体处理分为8个步骤，每步都是可调用的单独的程序，但是由于某些步骤的实现方式不止一种，所以引入了二级命令隔离参数。
使用二级指令的程序：水域掩膜、去耀斑、基于实测值进行模型修正、反演。

3、命令行程序文档
3.1 水域掩膜
（1）此程序用于提取水域区域，输出的水域栅格和输入的影像具有相同的行列数。支持2种二级指令（算法）：rasterize_shp，ndwi。

（2）rasterize_shp

  -h, --help            show this help message and exit
  -i1, --img_path IMG_PATH
                        输入影像文件的路径
  -i2, --shp_path SHP_PATH
                        输入shp文件的路径
  -o, --water_mask_outpath WATER_MASK_OUTPATH
                        输出水体掩膜文件的路径

命令示例：
rasterize_shp -i1 D:\PycharmProjects\0water_rlx\test_data\ref_mosaic_1m -i2 D:\PycharmProjects\0water_rlx\test_data\ref_mosaic_1m_cutarea.shp -o D:\PycharmProjects\0water_rlx\test_data\ref_mosaic_1m_water_mask

（3）ndwi

options:
  -h, --help            show this help message and exit
  -i1, --img_path IMG_PATH
                        输入影像文件的路径
  -i2, --ndwi_threshold NDWI_THRESHOLD
                        输入ndwi水体阈值，大于此值的为水域
  -o, --water_mask_outpath WATER_MASK_OUTPATH
                        输出水体掩膜文件的路径

命令示例：
ndwi -i1 D:\PycharmProjects\0water_rlx\test_data\ref_mosaic_1m -i2 0.4 -o D:\PycharmProjects\0water_rlx\test_data\ref_mosaic_1m_water_mask_ndwi

3.2 找耀斑严重区域

此程序通过大律法分割图像，提取耀斑最严重的区域，输出的栅格和输入的影像具有相同的行列数。

options:
  -h, --help            show this help message and exit
  -i1, --input INPUT    输入影像文件的路径
  -i2, --input_water_mask INPUT_WATER_MASK
                        输入水域掩膜文件的路径
  -gw, --glint_wave GLINT_WAVE
                        用于提取耀斑严重区域的波段.
  -o, --output OUTPUT   输出文件的路径

命令示例：
-i1 D:\PycharmProjects\0water_rlx\test_data\ref_mosaic_1m_bsq -i2 D:\PycharmProjects\0water_rlx\test_data\ref_mosaic_1m_water_mask -o D:\PycharmProjects\0water_rlx\test_data\ref_mosaic_1m_severe_glint

3.3 去耀斑
（1）此程序用于去除水域数据的耀斑，暂时支持3种算法。支持3种二级命令（算法）：subnir,regression_slope,oxygen_absorption

（2）subnir
options:
  -h, --help            show this help message and exit
  -i1, --input INPUT    输入影像文件的路径
  -i2, --input_water_mask INPUT_WATER_MASK
                        输入水域掩膜文件的路径
  -o, --output OUTPUT   输出文件的路径
  -s, --start_wave START_WAVE
                        nir开始波段
  -e, --end_wave END_WAVE
                        nir结束波段

命令示例：
subnir -i1 D:\PycharmProjects\sun_glint\test_data\ref_deepWater_20230914_154510 -o D:\PycharmProjects\sun_glint\test_data\ref_deepWater_20230914_154510_nir_730-750 -s 730 -e 750
subnir -i1 D:\PycharmProjects\0water_rlx\test_data\ref_mosaic_1m_bsq -i2 D:\PycharmProjects\0water_rlx\test_data\ref_mosaic_1m_water_mask -o D:\PycharmProjects\0water_rlx\test_data\ref_mosaic_1m_nir_730-750 -s 730 -e 750

（3）regression_slope
options:
  -h, --help            show this help message and exit
  -i1, --input INPUT    输入影像文件的路径
  -i2, --input_water_mask INPUT_WATER_MASK
                        输入水域掩膜文件的路径
  -o, --output OUTPUT   输出文件的路径
  -s, --start_wave START_WAVE
                        nir开始波段
  -e, --end_wave END_WAVE
                        nir结束波段
  -r, --roi ROI         输入roi文件的路径

命令示例：
regression_slope -i1 D:\PycharmProjects\sun_glint\test_data\ref_deepWater_20230914_154510 -o D:\PycharmProjects\sun_glint\test_data\ref_deepWater_20230914_154510_slope -s 730 -e 750 -r D:\PycharmProjects\sun_glint\test_data\roi2.xml
regression_slope -i1 D:\PycharmProjects\sun_glint\test_data\ref_deepWater_20230914_154510_wgs84.dat -o D:\PycharmProjects\sun_glint\test_data\ref_deepWater_20230914_154510_slope -s 730 -e 750 -r D:\PycharmProjects\sun_glint\test_data\roi2_latlong.xml
regression_slope -i1 D:\PycharmProjects\0water_rlx\test_data\ref_mosaic_1m_bsq -i2 D:\PycharmProjects\0water_rlx\test_data\ref_mosaic_1m_water_mask -o D:\PycharmProjects\0water_rlx\test_data\ref_mosaic_1m_slope -s 730 -e 750 -r D:\PycharmProjects\0water_rlx\test_data\roi_glint.xml

（4）oxygen_absorption
options:
  -h, --help            show this help message and exit
  -i1, --input INPUT    输入影像文件的路径
  -i2, --input_water_mask INPUT_WATER_MASK
                        输入水域掩膜文件的路径
  -o, --output OUTPUT   输出文件的路径
  -l, --left_shoulder_wave LEFT_SHOULDER_WAVE
                        氧气吸收谷左肩波长
  -v, --valley_wave VALLEY_WAVE
                        氧气吸收谷底波长
  -r, --right_shoulder_wave RIGHT_SHOULDER_WAVE
                        氧气吸收谷右肩波长
  -sw, --shoulder_window SHOULDER_WINDOW
                        氧气吸收谷左右肩平均窗口，半径
  -vw, --valley_window VALLEY_WINDOW
                        氧气吸收谷底平均窗口，半径

命令示例：
oxygen_absorption -i1 D:\PycharmProjects\sun_glint\test_data\ref_deepWater_20230914_154510 -o D:\PycharmProjects\sun_glint\test_data\ref_deepWater_20230914_154510_oxygen -l 752.49 -v 762.49 -r 772.49 -sw 1 -vw 1
oxygen_absorption -i1 D:\PycharmProjects\0water_rlx\test_data\ref_mosaic_1m_bsq -i2 D:\PycharmProjects\0water_rlx\test_data\ref_mosaic_1m_water_mask -o D:\PycharmProjects\0water_rlx\test_data\ref_mosaic_1m_oxygen -l 752.49 -v 762.49 -r 772.49 -sw 1 -vw 1

3.4 基于实测值进行模型修正
（1）此程序用于通过实测数据修正模型参数。支持6种二级命令（算法）：chl_a,nh3,mno4,tn,tp,tss。

（2）6种二级命令（算法）的参数都一样

options:
  -h, --help            show this help message and exit
  -i1, --img IMG        输入影像文件的路径
  -i2, --water_mask WATER_MASK
                        输入水域掩膜文件的路径
  -i3, --severe_glint SEVERE_GLINT
                        输入耀斑严重文件的路径
  -i4, --measured_data MEASURED_DATA
                        输入实测含量数据的路径
  -i5, --radius RADIUS  输入实测坐标半径
  -o, --model_info_outpath MODEL_INFO_OUTPATH
                        输出模型信息文件的路径

命令示例：
chl_a -i1 D:\PycharmProjects\0water_rlx\test_data\ref_mosaic_1m_bsq -i2 D:\PycharmProjects\0water_rlx\test_data\ref_mosaic_1m_water_mask -i3 D:\PycharmProjects\0water_rlx\test_data\ref_mosaic_1m_severe_glint -i4 D:\PycharmProjects\0water_rlx\test_data\content_retrieval\chl-a\Measured_point_pos_chl-a.txt -o D:\PycharmProjects\0water_rlx\test_data\content_retrieval\chl-a\chl-a.json

3.5 获取等间隔点坐标

此程序通过给定间隔输出坐标。

options:
  -h, --help            show this help message and exit
  -i1, --water_mask WATER_MASK
                        输入水域掩膜文件的路径
  -i2, --severe_glint SEVERE_GLINT
                        输入耀斑严重文件的路径
  -i3, --interval INTERVAL
                        输入间隔，单位为米
  -o, --output_csvpath OUTPUT_CSVPATH
                        输出csv文件的路径

命令示例：
-i1 D:\PycharmProjects\0water_rlx\test_data\ref_mosaic_1m_water_mask -i2 D:\PycharmProjects\0water_rlx\test_data\ref_mosaic_1m_severe_glint -i3 100 -o D:\PycharmProjects\0water_rlx\test_data\coor_interval.csv

3.6 基于（5）所得坐标获取光谱

此程序获取给定坐标的光谱曲线。

options:
  -h, --help            show this help message and exit
  -i1, --imgpath IMGPATH
                        输入影像文件的路径
  -i2, --coorpath COORPATH
                        输入坐标文件的路径
  -o, --output_path OUTPUT_PATH
                        输出csv文件的路径

命令示例：
-i1 D:\PycharmProjects\0water_rlx\test_data\ref_mosaic_1m_bsq -i2 D:\PycharmProjects\0water_rlx\test_data\coor_interval.csv -o D:\PycharmProjects\0water_rlx\test_data\coor-spectral.csv

3.7 反演

（1）此程序使用修正后的模型进行反演。支持6种二级命令（算法）：chl_a,nh3,mno4,tn,tp,tss。

（2）6种二级命令（算法）的参数都一样

options:
  -h, --help            show this help message and exit
  -i1, --model_info_path MODEL_INFO_PATH
                        输入模型信息文件的路径
  -i2, --coor_spectral_path COOR_SPECTRAL_PATH
                        输入坐标-光谱文件的路径
  -i3, --wave_radius WAVE_RADIUS
                        输入波长平均半径
  -o, --outpath OUTPATH
                        输出文件的路径

命令示例：
chl_a -i1 D:\PycharmProjects\0water_rlx\test_data\content_retrieval\chl-a\chl-a.json -i2 D:\PycharmProjects\0water_rlx\test_data\coor-spectral.csv -o D:\PycharmProjects\0water_rlx\test_data\coor-spectral-retrieval.csv

3.8 插值

此程序基于反演结果进行插值。

options:
  -h, --help            show this help message and exit
  -i1, --pos_content_path POS_CONTENT_PATH
                        输入含量文件的路径
  -i2, --img_path IMG_PATH
                        输入影像文件的路径
  -i3, --spatial_resolution SPATIAL_RESOLUTION
                        输出控件分辨率
  -o, --outpath OUTPATH
                        输出文件的路径

命令示例：
-i1 D:\PycharmProjects\0water_rlx\test_data\coor-spectral-retrieval.csv -i2 D:\PycharmProjects\0water_rlx\test_data\ref_mosaic_1m -o D:\PycharmProjects\0water_rlx\test_data\content.tiff
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